Pourquoi les États-Unis n’ont-ils pas détecté les cas Omicron plus tôt ?

Vendredi dernier, juste un jour après que des scientifiques sud-africains ont annoncé pour la première fois la découverte de la variante Omicron, l’Europe a signalé son premier cas : la nouvelle variante du coronavirus était en Belgique. Avant la fin du week-end, l’Australie, la Grande-Bretagne, le Canada, le Danemark, l’Allemagne, Israël, l’Italie et d’autres pays avaient tous trouvé des cas.

Mais aux États-Unis, les scientifiques ont continué à chercher.

« Si nous commençons à voir une variante apparaître dans plusieurs pays à travers le monde, mon intuition est généralement qu’elle est déjà là », a déclaré Taj Azarian, épidémiologiste génomique à l’Université de Floride centrale.

Mercredi, Les responsables américains ont annoncé que les scientifiques l’avaient trouvé – chez un patient californien récemment revenu d’Afrique du Sud. À ce moment-là, le Canada avait déjà identifié six cas; La Grande-Bretagne avait trouvé plus d’une douzaine.

Les États-Unis ont identifié jeudi deux autres cas, au Minnesota et au Colorado, indiquant clairement que d’autres se cachent presque certainement, ont déclaré des scientifiques. Pourquoi la variante n’a-t-elle pas été détectée plus tôt ?

Il existe diverses explications potentielles, y compris les schémas de voyage et les exigences d’entrée strictes qui peuvent avoir retardé l’introduction de la variante aux États-Unis. Mais il y a aussi des angles morts et des retards dans le système de surveillance génomique du pays. Avec de nombreux laboratoires effectuant désormais une recherche ciblée de la variante, le rythme de détection pourrait s’accélérer rapidement.

Mise à l’échelle

Depuis le début de la pandémie, les scientifiques ont séquencé le matériel génétique à partir d’échantillons du virus, un processus qui leur permet de repérer de nouvelles mutations et d’identifier des variantes spécifiques. Lorsqu’il est effectué de manière routinière et à grande échelle, le séquençage permet également aux chercheurs et aux responsables de garder un œil sur l’évolution et la propagation du virus.

Aux États-Unis, ce type de surveillance génomique à grande échelle a démarré très lentement. Alors que la Grande-Bretagne a rapidement exploité son système de santé national pour lancer un programme de séquençage intensif, les premiers efforts de séquençage aux États-Unis, basés principalement sur des laboratoires universitaires, étaient plus limités et ad hoc.

Même après le CDC a lancé un consortium de séquençage en mai 2020, les efforts de séquençage ont été entravés par un système de santé fragmenté, un manque de financement et d’autres défis.

En janvier, alors que le nombre de cas augmentait, les États-Unis séquençaient moins de 3 000 échantillons par semaine, selon le tableau de bord du CDC, bien moins de 1 pour cent des cas signalés. (Les experts recommandent de séquencer au moins 5 % des cas.)

Mais au cours des derniers mois, la situation s’est considérablement améliorée, grâce à la combinaison d’un nouveau leadership fédéral, une injection de fonds et une préoccupation croissante concernant l’émergence et la propagation de nouvelles variantes, ont déclaré les experts.

« La surveillance génomique a vraiment rattrapé son retard aux États-Unis, et elle est très bonne », a déclaré Dana Crawford, épidémiologiste génétique à la Case Western Reserve University.

Le pays est maintenant le séquençage environ 80 000 échantillons de virus par semaine et 14% de tous les tests PCR positifs, qui sont effectués en laboratoire et considérés comme l’étalon-or pour détecter le virus, a déclaré le Dr Rochelle P. Walensky, directrice des Centers for Disease Control and Prevention, à un briefing à la Maison Blanche mardi.

Le problème est que le processus prend du temps, surtout lorsqu’il est fait en volume. Le processus de séquençage du CDC prend généralement environ 10 jours pour terminer après avoir reçu un spécimen.

« Nous avons une très bonne surveillance en termes de quantité », a déclaré Trevor Bedford, expert en évolution virale et surveillance au Fred Hutchinson Cancer Research Center de Seattle. Il a ajouté: «Mais par nature, il est en retard par rapport à votre rapport de cas. Et donc nous aurons de bons yeux sur les choses d’il y a deux semaines.

Ce type de retard n’est pas rare dans les pays qui ont beaucoup d’échantillons à séquencer, a déclaré le Dr Bedford.

Dans certains États, le délai est encore plus long. Le ministère de la Santé de l’Ohio Note que, du début à la fin, le processus de « collecter l’échantillon, le tester, le séquencer et le signaler peut prendre au moins 3 à 4 semaines ».

Mais maintenant que les scientifiques savent ce qu’ils recherchent, ils devraient être en mesure d’accélérer le processus en donnant la priorité aux échantillons qui semblent les plus susceptibles d’être Omicron, ont déclaré les scientifiques.

Avec un peu de chance, Omicron génère un signal génétique différent sur les tests PCR que la variante Delta, qui représente actuellement essentiellement tous les cas de coronavirus aux États-Unis. (En bref, des mutations dans le gène de pointe de la nouvelle variante signifient que les échantillons d’Omicron sont négatifs pour le gène, tout en étant positifs pour un gène révélateur différent.)

De nombreux laboratoires expédient maintenant ces échantillons, ainsi que des échantillons de personnes récemment rentrées de l’étranger, pour le séquençage.

« Toutes les agences impliquées dans la surveillance génomique donnent la priorité aux cas récents associés aux voyages », a déclaré le Dr Azarian.

C’est peut-être ainsi que l’affaire californienne a été signalée si rapidement. Le patient est revenu d’Afrique du Sud le 22 novembre et a commencé à se sentir malade le 25 novembre. La personne a été testée positive pour le virus lundi et les scientifiques ont ensuite séquencé le virus, annonçant qu’ils avaient détecté Omicron deux jours plus tard.

« Le redressement rapide du système américain de surveillance génomique est un autre exemple de l’amélioration de notre système au cours des derniers mois », a déclaré le Dr Crawford.

Angles morts

Même si la surveillance s’est améliorée, il existe encore des lacunes qui pourraient ralentir la détection d’un plus grand nombre de cas aux États-Unis, y compris d’énormes variations géographiques.

« Certains États sont à la traîne », a déclaré Massimo Caputi, virologue moléculaire à la Florida Atlantic University School of Medicine.

Au cours des 90 derniers jours, par exemple, le Vermont a séquencé et partagé environ 30 pour cent de ses cas de virus et le Massachusetts en a séquencé environ 20 pour cent, selon GISAID, une base de données internationale de génomes viraux. Six États, d’autre part – Kentucky, Pennsylvanie, Ohio, Caroline du Sud, Alabama et Oklahoma – ont chacun séquencé et signalé moins de 3% de leurs cas, selon GISAID.

De plus, les scientifiques ne peuvent séquencer que les échantillons des cas détectés, et les États-Unis ont souvent eu du mal à effectuer suffisamment de tests.

« Les tests sont la partie la plus faible de notre réponse à la pandémie », a déclaré le Dr Eric Topol, fondateur et directeur du Scripps Research Translational Institute à La Jolla, en Californie. « C’est depuis le premier jour.

Bien que les tests, comme la surveillance génomique, se soient considérablement améliorés depuis les premiers jours de la pandémie, ils restent très inégaux. Et bien que les tests rapides à domicile présentent de nombreux avantages, le déplacement de certains tests du laboratoire vers le domicile peut présenter de nouveaux défis pour la surveillance.

« Avec l’augmentation des tests de diagnostic rapide à domicile, si cela n’est pas suivi, par exemple, d’un test PCR, ces cas ne seront pas séquencés », a déclaré Joseph Fauver, épidémiologiste génomique au centre médical de l’Université du Nebraska. Le problème n’est pas insurmontable, a-t-il ajouté, mais « il y a peut-être là un petit angle mort ».

Il existe d’autres raisons, plus optimistes, pour lesquelles les scientifiques n’ont pas détecté plus de cas, bien qu’elles restent théoriques.

« Peut-être que les patients infectés présentent des symptômes bénins et ne sont donc pas testés et ne sont pas soumis à une surveillance génomique », a déclaré Janet Robishaw, doyenne associée principale pour la recherche au Florida Atlantic University College of Medicine.

(Il est encore trop tôt pour savoir si Omicron provoque une maladie plus ou moins grave que d’autres variantes, soulignent les scientifiques. Même si les cas sont disproportionnellement bénins, ce qui n’est pas encore clair, cela pourrait être dû au fait que la variante a jusqu’à présent principalement infecté des personnes jeunes ou vaccinées, qui sont moins susceptibles de développer une maladie grave.)

Il est également possible qu’il n’y ait pas encore beaucoup de diffusion communautaire de la variante aux États-Unis. Si les cas sont pour la plupart isolés et liés à des voyages à l’étranger, ils pourraient passer sous le radar de surveillance.

« Nous cherchons en quelque sorte une aiguille dans la botte de foin si nous ne recherchons que des cas isolés sans rapport », a déclaré le Dr Azarian.

Bien qu’il ne soit pas encore clair où Omicron a émergé, les premiers foyers ont été détectés en Afrique du Sud, où la variante est maintenant répandue.

Il y a moins de vols entre l’Afrique australe et les États-Unis qu’entre cette région et l’Europe, où d’autres cas précoces d’Omicron ont été détectés, a déclaré le Dr Caputi.

Et jusqu’à début novembre, les États-Unis avaient interdit les voyageurs internationaux en provenance de l’Union européenne et d’Afrique du Sud, a-t-il noté. Même lorsque les autorités ont levé l’interdiction, les voyageurs de ces endroits étaient toujours tenus de fournir une preuve de vaccination et d’un récent test Covid négatif. Ces mesures ont peut-être retardé l’arrivée d’Omicron.

« Il est concevable que la propagation d’Omicron soit à la traîne aux États-Unis », a déclaré le Dr Caputi dans un e-mail.

Quoi qu’il en soit, a-t-il ajouté, il s’attendait à ce que les scientifiques trouvent bientôt plus de cas.